Если при работе с веб-интерфейсом Webmail вы видите, что отображаемое количество писем меньше, чем при использовании почтового клиента, вероятнее всего, включен режим "Группировать письма в цепочки".
В этом случае Webmail выводит количество цепочек, а не писем, например:
Отключить этот режим можно в разделе "Настройки" - "Общие":
После чего количество писем обновится:
