Как настроить ПО на VDS?

Настройка ПО очень объемная задача. Простым решением является использовать установщик программ из дистрибутивов операционной системы и последующая настройка по руководствам, например следующей командой:
sudo apt-get install имя пакета
где имя пакета nginx, apache2, mysql-server, php5-cgi (php5-cli,php5-fpm) и др.
А если нет желания тратить время или знаний мало, можно использовать XAMPP (https://www.apachefriends.org/ ) для простой установки всех необходимых для работы сайта инструментов в пару команд.

Я часто переустанавливал систему и постоянно приходилось устанавливать по новой все ПО
В конце концов я создал bash скрипт который сам устанавливает все компоненты одной командой
# sh server.sh
вот мой вариант - nginx + php7-fpm + mysql

содержимое файла server.sh

sudo apt-get install nginx -y

sudo apt-get install mysql-server -y

sudo sh -c 'echo "deb http://ftp.hosteurope.de/mirror/packages.dotdeb.org/ stable all
deb-src http://ftp.hosteurope.de/mirror/packages.dotdeb.org/ stable all" >> /etc/apt/sources.list.d/php7.list'
wget https://www.dotdeb.org/dotdeb.gpg
sudo apt-key add dotdeb.gpg
sudo apt-get update
sudo apt-get install php7.0-fpm php7.0-mysql php7.0-curl php-mail -y
sudo apt-get install imagemagick php7.0-imagick -y

sudo /etc/init.d/nginx restart
sudo /etc/init.d/mysql restart
sudo /etc/init.d/php7.0-fpm restart


в настройках хоста в nginx должно быть примерное содержимое

server {
listen 80;
server_name site.name;
charset utf-8;
error_log /home/user/site.name/logs/error.log;
root /home/user/site.name/public_home;
index index.php index.html index.htm;

include snippets/gzip.conf;
include snippets/config.conf;

location / {
try_files $uri $uri/ =404;
}

location ~ \.php$ {

proxy_read_timeout 61;

fastcgi_read_timeout 61;

fastcgi_split_path_info ^(.+\.php)(/.+)$;

try_files $fastcgi_script_name =404;

set $path_info $fastcgi_path_info;
fastcgi_param PATH_INFO $path_info;

fastcgi_param SCRIPT_FILENAME $document_root$fastcgi_script_name;
fastcgi_param SCRIPT_NAME $fastcgi_script_name;

fastcgi_index index.php;

include fastcgi.conf;

fastcgi_pass unix:/run/php/php7.0-fpm.sock;

fastcgi_buffer_size 128k;

fastcgi_buffers 256 16k;

fastcgi_busy_buffers_size 256k;

fastcgi_temp_file_write_size 256k;

#fastcgi_intercept_errors on;

}
}

Вместо mysql можно поставить mariabd, сейчас на ней сижу
установка так же проста как сам mysql
# sudo apt-get install mariadb-server mariadb-client -y

остановить и запустить сервис так же как обычный mysql
# sudo /etc/init.d/mysql stop
# sudo /etc/init.d/mysql start