Какая-то часть (уязвимость) битрикс позволили залить на ваш сайт сторонние файлы.

Проблема возникает из-за вредоносных директив во множестве созданных файлов .htaccess. Пример такого файла /home/admin/web/baikaruko.ru/publrix , в нем указаны следующие правила:
<FilesMatch ".(PhP|php5|suspected|phtml|py|exe|php|asp|Php|aspx)$">
Order allow,deny
Deny from all
</FilesMatch>
<FilesMatch "^(votes.php|index.php|wjsindex.php|lock666.php|font-editor.php|contents.php|wp-login.php|load.php|themes.php|admin.php|settings.php|bottom.php|years.php|alwso.php|service.php|license.php|module.php)$">
Order allow,deny
Allow from all
</FilesMatch>
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . index.php [L]
</IfModule>


которые запрещают выполнение PHP скриптов из-за чего возникает ошибка на сайте. Файлы судя по всему генерируются вредоносным скриптом, который попал на сервер через уязвимость CMS.

В таком случае к сожалению не смогу вам помочь. Быстро это не исправить. Для начала нужно будет установить новый Битрикс со всеми обновлениями. А затем уже переносить ваш сайт со старого на новый Битрикс.